集装箱的主要缺陷包括以下几点：

1. 易于损坏：集装箱的结构简单，容易受到碰撞、刮擦和磨损等损坏。

2. 强度不足：集装箱的承载能力和稳定性不如传统的建筑结构，容易受到外力的影响而倒塌。

3. 空间利用率低：集装箱的空间利用率相对较低，因为它们的墙壁和屋顶通常是用薄板和金属构成的。

4. 隔音和保温性能差：集装箱的隔音和保温性能通常较差，无法满足现代建筑的高标准要求。

5. 维护成本高：由于集装箱的结构复杂，维护成本通常较高，尤其是在使用较久之后。

此外，集装箱也面临着运输和装卸过程中的各种问题，如码头设施不足、货物堆放不当、装卸工人技能不足等。这些问题都可能影响集装箱的正常运输和使用。